Walter Fleischhacker wurde am 29. April 1953 in Salzburg als Sohn eines Mittelschulprofessors und einer Lehrbeauftragten der Universität Salzburg geboren. Nach der Matura studierte er bis 1978 Medizin an der Leopold-Franzens-Universität Innsbruck, verbunden mit Famulaturen in Innsbruck, Salzburg und Kopenhagen und fungierte 1977 und 1978 als Famulus an der Universitätsklinik für Psychiatrie Innsbruck. Im Jahre 1978 wurde er promoviert und wirkte als Gastarzt an der Universitätsklinik für Psychiatrie Innsbruck.

Von 1979 bis 1989 wirkte er als Assistent an der Universitätsklinik für Psychiatrie Innsbruck. In dieser Zeit absolvierte er eine Gegenfachausbildung an der Universitätsklinik für Neurologie, Innsbruck, leistete 1984 den Grundwehrdienst in Form eines auf zwei Monate verkürzten Hochschulassistentenkurses ab, war Stationsführender Arzt der Akutstation für Psychiatrie und zehn Jahre lang Leiter der Arbeitsgruppe Biologische Psychiatrie an derselben Institution. Von 1987 bis 1988 fungierte er als Research Fellow am Department of Psychiatric Research, Hillside Hospital, Albert Einstein College of Medicine, in New York. Im Jahre 1989 folge die Habilitation für das Fach Psychiatrie mit dem Thema: „Pharmakoepidemiologie der Benzodiazepine” und die Tätigkeit als Oberarzt der Abteilung VI der Univ. Klinik für Psychiatrie Innsbruck. Über die Stationen Außerordentlicher Universitätsprofessor für Psychiatrie mit besonderer Berücksichtigung der Biologischen Psychiatrie (1993) und Leiter der Abteilung für Biologische Psychiatrie an der Univ. Klinik für Psychiatrie (1994) und Institutsvorstand des Instituts für Kommunikation im Berufsleben und Psychotherapie der Universität Innsbruck (1999 bis 2003) stieg er 2008 zum Leiter (Geschäftsführender Direktor) des Departments für Psychiatrie und Psychotherapie der Medizin Universität Innsbruck auf.

Prof. Dr. Wolfgang Fleischhacker absolvierte seit 1979 eine Fülle von Zusatzausbildungen (Management, Verhaltenstherapie, Psychotherapie etc. in Österreich wie im Ausland. Zusätzliche Lehrverpflichtungen erfüllt er an der Vienna School for Clinical Research (Vice President) und am Open Medical Institute, Weill-Cornell Salzburg Seminar of the American Austrian Foundation (Co-Course Director). In zahlreichen wissenschaftlichen Gesellschaften ist er Mitglied, z.B. bei der Österreichischen Gesellschaft für Psychiatrie und Psychotherapie (ÖGPP), deren Präsident er von 2002 bis 2005 und deren Past Präsident er von 2005 bis 2006 war. Hinzukommen aber auch diverse Mitgliedschaften in internationalen Gremien, z.B. in der European Group for Research in Schizophrenia (EGRIS), deren Vorsitzender er seit 1997 ist. Sein wissenschaftliches Wirken wurde mit mehreren Auszeichnungen gewürdigt, so durch das Österreichische Ehrenkreuz für Wissenschaft und Kunst. Er fungiert als Herausgeber des Journals „Psychiatrie und Psychotherapie”. In einer Fülle von Fachzeitschriften wirkt er in Editorial bzw. Advisory- Board. Dr. W. Fleischhacker ist verheiratet und hat zwei Söhne.